Historia de disputa e litígios entre portugueses e espanhóis. Quando os dois reinos foram unificados de 1580 a 1640, a exploração passou a ser unificada.

Tornou se capitania hereditária em 1637, mas foi invadida por holandeses, ingleses e franceses que povoaram as Guianas. Todos foram expulsos, menos os franceses que com a descoberta das jazidas de ouro, acirraram as disputas pelas riquezas do território, mas em 1900 com o ganho pelo Brasil pela disputa foi criado o território de Araguari. A autonomia veio em 1943 com a criação do Território Federal do Amapá e em 1988 foi transformado em Estado.

Macapá é sua capital e é no Amapá que o Amazonas e o Atlântico produzem o duelo das águas, o fenômeno da pororoca.